شناسایی و ردیابی مولکولی Phytophthora melonis بر‌اساس ژنوم هسته‌ای و میتوکندریایی*

گونه­ی بیمارگر گیاهی Phytophthora melonis از نظر ریخت­شناختی به برخی گونه­های بدون پستانک جنس Phytophthora به­خصوص P. drechsleri شباهت دارد وبنابراین تفکیک این آرایه­های هم­گرا دشوار است. این پژوهش به منظور طراحی آغازگرهای اختصاصی P. melonis بر اساس ژنوم هسته­ای و میتوکندریایی، بررسی اختصاصیت آن­ها در برابر سایر گونه­های همگرا، و بهینه­سازی استفاده از این آغازگرها برای ردیابی P. melonis انجام شد. برای طراحی آغازگر­های اختصاصی گونه­ی P. melonis نُه ژن­ هسته­ای و چهار ژن میتوکندریایی از نظر تفاوت نوکلئوتیدی مناسب بودند، بنابراین سیزده آغازگر اختصاصی طراحی و خصوصیات آن­ها بهینه‌سازی گردید. ردیابی P. melonis با استفاده از پنج جفت از آغازگر­های اختصاصی در بافت مایه­زنی شده­ی گیاهان میزبان آن شامل خیار، خربزه، هندوانه، چغندر­قند و پسته­ انجام شد. با استفاده از آغازگرهای طراحی شده در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز تودرتو، تا سطح یک درصد مایه­ی بیماری­زا­ در خاک آلوده و زئوسپورهای بیمارگر تا غلظت­10 زئوسپور در میلی­لیتر در آب آلوده ردیابی شدند. با بررسی اختصاصیت و حساسیت آغازگر­های طراحی شده، کارامد­ترین آن­­­ها مجموعه­ی ITS-M2 (ترکیب آغازگرهای ITS-MF1 و ITS-MR2) در نظر گرفته شد. دمای هم­جوشی بهینه‌سازی شده برای این مجموعه 68 درجه­ی سلسیوس بود. به نظر می‌رسد استفاده از واکنش زنجیره­ای پلیمراز تودرتو با استفاده از مجموعه­ی ITS-M2 به همراه آغازگر­های عمومی ITS4 و ITS6 در نقش آغازگر­های خارجی در حدود 106 برابر حساس­تر از واکنش زنجیره­ای پلیمراز مستقیم است. ­آزمون زنجیره­ای پلیمراز چندگانه‌ی طراحی شده، قادر به ردیابی هم­زمان سه گونه­ی بیمارگر شامل P. melonis، P. drechsleri و P. nicotianae بود.آزمایش‌ها نشان داد که آغازگر­های طراحی شده ابزاری کارآمدی برای ردیابی P. melonis در بافت گیاه، خاک و آب آلوده هستند.